周延儒被革职下狱，其核心党羽也遭到清洗，南京朝堂之上，革新派的声音一时间似乎占据了绝对上风。议会通过的各项法令推行阻力大减，格物中学修缮完毕，书声复起；“振华工坊”在王振华和商会支持下开始重建，规模更胜从前；《新铨叙条例》在赵启明的主持下，得以更严格地执行，一批有实绩的年轻官员和格物士得到提拔。
表面看来，形势一片大好。然而，林川、徐承烈等人却并未有丝毫松懈。他们深知，盘根错节的旧势力绝非一朝一夕所能清除。周延儒的倒台，更像是砍掉了一棵露出地面的毒树，但其地下的根系，依旧深植于帝国的土壤之中。
果然，新的反扑以更为隐蔽和分散的方式悄然来临。
首先是在舆论上。尽管《士林清议》等公开反对的报纸收敛了许多，但一种新的论调开始在士林和官场中流传。他们不再直接攻击新政本身，而是转而强调“中庸”、“调和”。
“新政虽好，然不可操切。”
“林、徐诸公，锐意进取之心可嘉，然行事未免失之于‘激’。”
“治国如烹小鲜，火候太过，则焦矣。当以周公会（周延儒）之事为鉴，宽猛相济，方是长久之道。”
这种论调极具迷惑性，甚至吸引了一些原本持中立态度的官员。他们将周延儒的罪行轻描淡写地归咎于“个人品行”或“斗争失败”，而将暴乱的责任 subtly 地转嫁到新政“过于激进”上，试图为旧势力张目，并束缚住林川等人进一步深化改革的手脚。
其次，在地方执行层面，阻力以更“合规”的方式出现。江南某府，在推行“清丈田亩”时，当地士绅不再公然对抗，而是联合起来，聘请精通律法的讼师，在田契的细节、鱼鳞册的记载、乃至丈量的方法上吹毛求疵，提出无数“合法”的质疑，使得清丈工作进展极其缓慢，陷入无休止的文书诉讼之中。
另一位在北方边镇推行新军操典的年轻将领则遭遇了“软钉子”。当地旧派军官表面上服从，却在训练中阳奉阴违，以“爱惜士卒”、“因地制宜”为名，擅自降低训练强度，更改战术科目，使得新操典的效果大打折扣。当朝廷派员核查时，他们又能拿出一套看似合理的说辞，令人难以责罚。
更令人忧心的是，经济领域出现了新的动向。一些嗅觉敏锐的旧式士绅，见工坊之利巨大，也开始尝试转型。他们利用积累的资本和原有的地方势力，也开始投资兴建工坊。然而，他们的目的并非真正发展实业，而是试图通过垄断原料、压价倾销、甚至暗中破坏等手段，挤垮如“振华工坊”这类由新兴商人创办的企业，从而将新生产力掌控在自己手中，换汤不换药。
“他们正在学习，正在适应。”林川在议会核心会议上，指着各地送来的报告，面色凝重，“他们放弃了正面的对抗，转而用更聪明、更符合‘规则’的方式来消解我们的改革。这比直接的反对，更难对付。”
徐承烈一拳砸在桌上：“这帮蠹虫！真是无孔不入！难道就拿他们没办法了吗？”
沈万三沉吟道：“关键在于‘标准’和‘监督’。他们现在钻的空子，正是因为我们制定的律法、标准还不够严密，监督执行还不够有力。比如清丈田亩，需要更细致、更无法篡改的测量标准和登记制度；新军操典，需要更独立、更专业的监察体系；工商竞争，需要更完善的反垄断和公平交易法规。”
王贞仪补充道：“还有舆论。我们不能任由那种‘调和论’混淆视听。需要更系统、更深入地阐述新政的必要性和长远规划，让朝野明白，我们并非为变而变，而是为了应对迫在眉睫的危机（如泰西威胁）和解决积重难返的内弊。”
林川点了点头：“诸位所言极是。周延儒倒下，只是搬开了一块显眼的绊脚石。真正的挑战，在于如何构建起一套能够有效运转、抵御腐蚀的新制度体系，并让这套体系的理念深入人心。这将是一场更为漫长、也更为精细的较量。”
他站起身，走到窗前，望着窗外看似平静的南京城：“下一阶段，我们的重点，要从‘破旧’，转向更艰难的‘立新’。完善律法细节，建立专业且独立的监督机构，深化舆论引导，同时…要警惕旧势力在新形势下的蜕变和反扑。他们就像水银，被打散后，会以更小的颗粒，渗透到每一个缝隙之中。”
暗流仍在涌动，只是换了一种形式。制度复兴的道路，在扫清了一个明显的障碍后，进入了更深水区，面临的将是体系与体系、规则与规则、理念与理念之间，更加复杂和持久的博弈。