这些反对皇家医院的官员虽然被朱由检的淫威震慑不敢再说什么，并不是他们同意了崇祯皇帝的做法，反而对小皇帝更加不满，更加忌惮这个小皇帝的所作所为。
明代朝堂文臣自认为他们占据道德制高点，一切都要按照他们的理念来推行。
尤其到了后期，文臣和皇帝作对被士林奉为敢于直言博取美名的典范。
最着名的便是“大礼议”之争。
1521年，明武宗朱厚照病逝，因其无子嗣且无同胞兄弟，皇位虚悬。
内阁首辅杨廷和等人依据《皇明祖训》中“兄终弟及”的原则，迎立武宗的堂弟、兴献王之子朱厚熜（即明世宗/嘉靖帝）继承皇位。
然而，在朱厚熜的身份认定上，朝野爆发了激烈冲突。
以杨廷和为首的旧臣（继嗣派）：主张“继统必继嗣”。
认为朱厚熜是以小宗入继大宗，必须改认伯父明孝宗为“皇考”（法理上的父亲），而将自己的亲生父亲兴献王降格称为“皇叔考”。
嘉靖帝及其支持者（继统派）：主张“继统不继嗣”。
嘉靖帝认为自己直接继承了君统，不应为了礼法而抛弃亲生父母，坚持尊生父为“皇考”。
朱由检自己也是兄终弟及，比较幸运的是，他和朱由校是一个父亲生的，不涉及身份的认定。
“大礼议”争论初期，双方僵持不下，互不相容，朝堂之上常常争吵不休。
一群外人老是争吵自己应该叫谁为爹，能不恶心人吗？
这也许就是嘉靖不喜欢上朝的原因之一。
到了嘉靖三年（1524年），矛盾彻底爆发。
两百多名朝廷大臣在金水桥南和左顺门前集体跪伏请愿，企图用群体施压的方式迫使嘉靖帝屈服。杨廷和之子杨慎甚至带头撼门大哭，“声震阙庭”。
面对文官集团的逼宫，嘉靖帝采取雷霆手段，下令锦衣卫逮捕为首者，并对五品以下的一百多名官员当廷实施杖责，当场打死十余人。
“左顺门事件”后，反对议礼的官员纷纷缄口，朝堂上的公开对抗被强行平息。
通过高压手段压制反对声音后，嘉靖帝逐步推进自己的诉求。
他不仅成功将生父尊为“皇考”，还于嘉靖十七年（1539年）将其神主升祔太庙，追尊为“睿宗”，甚至打破了原有的宗法排位，将其置于明武宗之上。
至此，历时近二十年的“大礼议”以嘉靖帝的全面胜利告终。
嘉靖帝借此机会清洗了以杨廷和为首的先朝阁臣与言官，确立了绝对的君主权威。
后世人认为：嘉靖帝的暴力镇压，使得皇权与士大夫阶层彻底对立，导致明朝政治文化出现严重分歧，为后来的党争埋下了隐患。
朱由检认为这种观点有些牵强，臣子强行为皇帝做主，这明明是士大夫阶层为了巩固自己的权利，强行与皇帝作对。
怎么能够怨嘉靖帝坚决抗争，连认谁为爹他们都管，简直太过分了。
还有人认为：这场风波让嘉靖帝深刻体会到朝臣的掣肘。
在达成尊崇父母的夙愿后，加之自身健康与子嗣早夭的压力，他在执政后半期逐渐对朝政失去兴趣，转而沉迷修道，引发了严重的内外危机。
这些都是朝臣逼得，朱由检绝对不会允许自己的朝臣能猖狂到这种程度。
能用的就用，不能用的就抓，还不收敛，该杀的就杀了吧！
反正留着也会成为外族的走狗，祸害同胞！
朱由检暗暗下定决心，对于敢和他扎刺的人绝不姑息。
这时，总督仓场户部侍郎苏茂相缓步出班躬身施礼：“臣户部侍郎苏茂相，有本启奏！”
朱由检看了毕自严一眼，这老头子和自己配合的非常好，把自己想说的话都给说了出来，才能这么快平息皇家医院之争。
他又指示户部侍郎出班上奏，不知是什么事情。
只见毕自严微微一笑，微微点了点头。
朱由检明白这事他了解，应该是好事，于是抬手示意总督仓场户部侍郎苏茂相继续说。
“陛下，臣所谏言，事关京营粮饷，恳请陛下圣察！”
此言一出，殿内瞬间寂静无声，百官纷纷侧目，京营勋贵所在的武臣班列骤然神色紧绷。
“户部是要造反吗？刚刚毕自严那个老匹夫就提起京营积弊的事情，还好没有继续深究，这个老匹夫苏茂相又想干什么？”成国公朱纯臣在心中暗骂。
苏茂相执掌仓场粮储，总揽京内外军粮调拨、仓储核验诸事，手握实据，素来刚正不阿、不避权贵，此番直言启奏，绝非空穴来风。
朱由检眼底骤然掠过一丝微光，面上却不动声色，淡淡开口：“卿且奏来。”
苏茂相手捧笏板，朗声道：“陛下，京营三大营定额十一万三千有余，每年户部拨付粮饷、车马、器械、刍草之费逾百万两。
然臣稽查仓场账目、核验近年粮米发放明细，核对营中造册兵额，发现数目相差甚远、差额触目惊心。
为了防止出错，臣专门与兵部尚书孙承宗孙大人进行交流，孙大人对于京营的兵额也很有疑虑，臣恳请陛下下旨彻查京营粮饷，肃清积弊、整顿营伍！”
苏茂相话音落时，武臣班列瞬间哗然骚动，一众世袭勋贵脸色铁青，纷纷出言呵斥：“大胆苏茂相，尽然挑拨陛下对京营的信任！
你可知道京营乃京师的绝对屏障？是拱卫京师安全的绝对力量？
每年调拨粮食都是叽叽歪歪，处处刁难，现在竟然如此恶语中伤京营！你就不怕京营兵将撕碎了你那张臭嘴！”
一时之间，勋贵们挽胳膊撸袖子，就要群殴挑事的苏茂相。
“肃静！”朱由检猛地一拍龙椅扶手站起来，指着冲出的勋贵们说：“你们想干什么？还有没有规矩？”
勋贵们看着暴怒地崇祯皇帝，纷纷躬身施礼：“臣等失仪！请陛下见谅！”
嘴上虽然认错，眼神却狠狠地瞪着苏茂相，意思非常明显：“你老小子等着，敢惹勋贵，没有你的好果子吃！”
位列武臣班首、执掌京营成国公朱纯臣，愤然出班，执笏抗辩：“陛下！苏侍郎所言言过其实，简直危言耸听！
京营宿卫京师、护卫宫禁，责任重大、事务繁杂，历来兵额、粮饷皆循前朝旧制，百年相承、并无差错！”
他抬首挺胸，没有半点心虚的样子。
“营中所谓兵额参差，皆是临时抽调执事、轮值值守所致，并非空饷冒领；
粮饷收发、仓储调拨自有营中规制，层层核验、有据可查！
苏侍郎执掌仓场，只管粮米存储出纳，不谙军营军务、营中规制，仅凭账面虚数便肆意诋毁京营、污蔑勋臣，恐是片面臆断，误导圣听！
若贸然彻查，必致营中人心惶惶、军心动荡，京师防务耽误了，可是天大的事情！”
朱纯臣话音落下，紧随其旁一众京营勋贵纷纷出班附议。
“臣等附议！京营隶属五军都督府管辖，根本不归属兵部辖制，旧制不可轻改，贸然清查京营必生大乱！恳请陛下三思！”勋贵们此起彼伏，齐声反对核查。
一众勋贵抱团施压，声势浩大，朝堂气氛瞬间紧绷。