宋仁宗天圣年间，汴京东南二百里处有个清泉县，县里有个青年郎中姓陈名实，表字去疾。此人医术传自祖上，尤擅针灸，在城南开着一间“济生堂”。这日黄昏，陈实正要闭馆，忽见几个衙役抬着个血人匆匆而来，为首的李班头急道：“陈郎中快救救这囚犯，方才押解途中遇了山贼！”
陈实掀开染血的麻布，见是个二十出头的年轻人，肩胛处插着半截断箭，面如金纸。他仔细把脉后沉吟道：“箭镞入肺三分，若强取必伤经脉。”遂取来祖传金针，在伤者胸前落下七针，形成北斗形状。说也奇怪，不过半柱香工夫，那囚犯忽然咳嗽着吐出半口淤血，竟悠悠转醒。
李班头连连称奇：“这死囚明日就要问斩，偏生路上遇袭。县尊有令，务必要他活到法场。”陈实闻言一怔，再看那囚犯眉目清朗，不似凶恶之徒，便多问了一句：“不知他所犯何罪？”
“谋害东街绸缎商周员外。”李班头压低声说，“偏生周员外是县尊妻弟。”
囚犯忽然睁开眼，目光清明地望着陈实：“在下林远，实是冤枉的。那日我送药材到周家，撞见他与...”话未说完，李班头便厉声喝止。陈实心中疑惑，待衙役们去外间用饭时，悄悄塞给林远一个油纸包：“这是参片，可吊住元气。”
当夜雷雨交加，陈实辗转难眠。忽闻窗外笃笃作响，开窗竟见只白鸽丢下枚竹管，管内绢布写着：“恩公若疑冤情，明日法场看囚犯右臂。”字迹娟秀，似出自女子之手。
次日午时三刻，法场上林远被按在铡刀前。监斩官掷下火签时，陈实猛然冲上前高喊：“刀下留人！此人右臂必有蹊跷！”仵作查验后果然回报：“囚犯右臂确有陈年箭疮，应是行伍出身。”
这话引得旁听的县尉起身细看，突然变色：“这箭疮莫非是西北军特有的狼牙箭所伤？”原来县尉曾在边关任职，认得这伤痕。林远泪流满面：“小人本是延州厢军，三年前因伤退役，哪敢害人性命？”
案子发回重审，真相很快水落石出。真凶竟是周员外续弦的妻子与账房先生合谋，那日林远送药时恰撞见二人私会。陈实又作证说周员外尸身颈后有细密针孔，显是用了江湖上罕见的“透骨针”。县衙按图索骥，在账房住处搜出凶器。
林远雪冤那日，有个戴帷帽的女子来到济生堂，放下个青布包裹便匆匆离去。陈实打开一看，竟是本失传的《铜人腧穴针灸图》，扉页题着“沐手报恩”四字。
时值暮春，知县夫人染了怪疾，请遍名医皆言“邪风入髓”。陈实被召入府时，见帘后伸出截皓腕，腕间却系着五色丝线。他悬丝诊脉后沉吟：“夫人非病非毒，似是中了苗疆情蛊。”知县大惊，这才道出原委。原来夫人月前去宝相寺上香时，曾被个苗女冲撞。
陈实连夜配制药汤，又以金针封住夫人心脉八穴。施针至第七穴时，忽闻窗外异香扑鼻。他心知有异，故意失手打翻药碗，趁收拾时在窗棂抹了雄黄粉。果然半夜有黑影撬窗，触到雄黄后惨叫一声。家丁追出，擒获个苗装女子，她怀中掉出个巫毒娃娃，胸口插着七根银针。
知县升堂审讯，那苗女竟指着后堂狂笑：“问他十五年前在沅州做下的好事！”原来知县当年在沅州任职时，曾与这苗女相好，后赴任他乡始乱终弃。苗女苦等十年，方知受骗，特来报复。案情大白后，知县被革职查办，夫人蛊毒得解，赠陈实百金为谢。
陈实用这些银钱扩建医馆，又在城西设了义诊所。这日正在义诊，忽见个老汉抱着孩童冲进来：“郎中救救我孙儿！他吞了邻家祖传的玉貔貅！”陈实见孩童面色青紫，当即取来磁石与麻油。先灌服麻油润滑喉肠，又以丝线系磁石缓缓送入。约莫半刻钟，听得孩童喉间作响，竟真吸出个鸽卵大的玉貔貅。
围观众人啧啧称奇时，忽闻街面锣鼓喧天。原是今科放榜，清泉县竟出了个进士。更奇的是，新科进士的马车径直停在济生堂前，车中走下个绿袍官员，朝陈实深深一揖：“恩公可还认得林远？”二人执手相看，皆感慨万千。原来林远冤情得雪后，发愤苦读，今科高中二甲第十八名，授了杭州通判。
林远在陈实家中住了三日，临行前夜，二人对月小酌。酒至半酣，林远忽然击节而歌：“青囊济世丹心在，铁砚磨穿壮志酬。”陈实心中微动，暗忖这诗句似在何处见过。
转眼中秋将至，陈实应邻县同行之邀前去会诊。归途行至翠云山，忽遇暴雨。躲进山神庙时，见已有群客商在内避雨。其中有个老丈突发心疾，陈实施针救治后，客商们感激不尽。雨停后众人结伴下山，却在岔路口被个樵夫拦住：“前方竹林莫去，近日有花妖作祟。”
客商们笑他迷信，唯陈实留了心。果然行至竹林深处，忽闻缕缕异香。几个客商眼神发直，竟朝着雾气深处走去。陈实急取金针刺他们耳后穴道，众人吃痛醒转。此时雾中现出个红衣女子，面容娇艳欲滴，袖中却甩出条藤鞭。陈实以药锄格挡，嗅出她身上有曼陀罗花粉的气味，当即撒出把解药。那女子尖叫一声，掩面遁走。
三日后回到清泉县，却见城里张灯结彩。原来是新任知县到任，正在城隍庙摆流水席。陈实被乡邻推着前去观礼，恰逢知县巡街。八抬大轿经过时，忽有顽童窜出惊马。陈实眼疾手快拉住缰绳，轿帘掀起处，露出张芙蓉面——竟是那夜送书的帷帽女子！
新知县姓苏名文卿，竟是位二十五岁的女进士。她父亲原是太医局博士，因卷入宫廷争斗被贬，临终前将毕生医书托付女儿。苏文卿女扮男装考取功名，上任途中遭遇山贼，正是陈实所救的林远暗中相助才得脱险。
苏知县到任后首要之事竟是整顿医馆。她微服私访济生堂，故意用墨汁涂面扮作乞丐。陈实不嫌污秽，仔细为她诊治“疮疾”，还赠她祛疤膏。苏文卿感动不已，次日以真身来访，二人切磋医术，从《黄帝内经》谈到《千金方》，竟聊到月上中天。
这日陈实出诊归来，见个货郎在医馆前叫卖湘绣。其中一幅《杏林春晓图》针法奇特，他多看了两眼。货郎低声道：“公子好眼力，这是潇湘阁的绣品。”陈实猛然想起，那苗女巫毒娃娃上的刺绣手法与此如出一辙。
当夜他寻至城东潇湘阁，果见绣坊深处有间暗室。推开虚掩的房门，烛光下坐着个白衣女子，正在擦拭具骷髅。见陈实进来，她嫣然一笑：“陈郎中，我等你许久了。”原来此女竟是前朝太医之女，专研人体骨骼。她邀陈实合着医书，却要求用活人试针。
陈实断然拒绝，女子翻脸放出迷烟。危急时刻，苏文卿带衙役破门而入。原来她早怀疑潇湘阁与多起失踪案有关。混乱中女子从密道逃脱，只留下满屋医札。陈苏二人翻阅手稿，发现她竟在研究换骨之术。
时近重阳，开封府来了钦差巡察。这钦差原是苏文卿世叔，酒过三巡后笑道：“贤侄女可知，你与陈郎中的婚事，当年你父亲曾与陈老太医有过口头约定？”苏文卿羞得满面通红，陈实却如醍醐灌顶——难怪父亲临终前再三嘱咐“若遇苏姓医者，当以诚相待”。
正当二人互明心迹之际，清泉县突发时疫。患者先发热咳血，三日便皮肤溃烂。陈实日夜不休研制药方，苏文卿则开仓放粮，隔离病患。这日试药时，陈实不慎染病，高烧中恍惚见个道人递来青囊：“取青龙藤、白虎骨、朱雀砂、玄武甲，以晨露煎服。”
醒后他依言制药，果然药到病除。疫情平息后，百姓集资送了块“神医仁心”的匾额。恰逢林远从杭州寄来贺仪，信中提及已在西湖边觅得宅院，邀他们完婚后同游江南。
吉日选在腊月初八。花轿经过南街时，忽有个癞头和尚拦路讨赏。喜娘给过铜钱，他却盯着花轿念念有词：“玉壶冰心，青囊妙手。前世医仙，今生佳偶。”言罢化作青烟而去，只在雪地上留个药葫芦。
洞房花烛夜，陈实掀开盖头，见苏文卿从怀中取出半块羊脂玉：“父亲说这是信物。”陈实忙从箱底找出另半块，双玉合璧，竟成个葫芦形状。月光透窗而过，玉中显出行小字：“愿为青囊客，白首不相离。”
窗外不知谁家庭院，隐隐传来歌谣：“金针度厄，玉壶济世。良缘天定，鸾凤和鸣...”正是：
青囊妙手解沉疴，铁面明镜断是非。
莫道红尘多坎坷，自有鸳鸯共双飞。