唐开元年间，汴州有书生姓柳名子衿，字子清，乃前朝柳宗元旁支后裔。年方弱冠，容貌俊朗，通晓经史，尤工诗词。然家道中落，唯余城西老宅一栋，薄田数亩，与老仆福伯相依为命。
是年秋闱，子衿辞别福伯，携书箧赴长安应试。行至潼关，忽遇暴雨，见山麓有古刹，急趋避之。檐下先有一老者倚柱而立，青衫微湿，鹤发童颜，手持药锄，旁置竹篓，满盛草药。
子衿揖礼道：“晚生柳子衿，偶经此地，敢问长者尊号？”
老者还礼笑道：“老朽姓孙，山中采药人耳。观公子气象，可是赴京应试？”
二人叙谈间，雨愈急。忽闻寺内哭声哀切，循声见一妇人跪于佛前，怀中幼子面如金纸，气若游丝。
孙翁上前探看，蹙眉道：“此子中毒已深，非寻常药石可医。”
妇人泣道：“先夫获罪流放，妾携幼子返京，路遇歹人，强灌毒酒，欲夺钱财...”
孙翁自囊中取金针七枚，刺患儿要穴，又出青瓷瓶倾药末灌之。俄顷，患儿呕黑血升余，渐苏。
子衿暗惊其术。雨歇辞别时，孙翁忽道：“公子眉间隐有青气，三日内当有奇疾发作。若信老朽，可随我入山暂避。”
子衿虽疑，然感其医术，遂同行入华山。
至一幽谷，茅屋三楹，药圃环绕。夜半果觉浑身灼痛，视之肌肤现红斑如蛛网。孙翁施针用药，三日方愈。告曰：“此乃潼关客栈中的蜈蚣蛊，必是有人暗算。”
子衿蓦然忆起，考前曾拒汴州太守请托，为其纨绔子代笔。太守羞恼，竟下此毒手！
养疴期间，子衿助孙翁整理药草，见其室中医典浩瀚，多有孤本。翁笑言：“老朽孙思邈族裔，避世在此五十载矣。”
某日曝书，忽从《千金要方》夹页落残卷半幅，墨迹古奥，绘人体奇经八脉，题《青囊秘要》。孙翁叹道：“此乃华佗失传之术，可惜仅存半卷。”
子衿天资聪颖，月余竟识得百草性情。翁奇之，尽授岐黄之妙。
忽一日，京中驿使至，带来福伯血书。原来子衿离汴后，太守诬其科场舞弊，抄没家产，老仆下狱，宅院改作太守别业。
子衿悲愤欲绝，即欲下山复仇。孙翁阻曰：“彼官居四品，岂是布衣可撼？老夫有三策授君。”
翁取锦囊三枚，嘱道：“青囊医病，赤囊医心，玄囊医世。依次拆之，不可妄为。”
又赠青布药囊：“此中自有奇缘，慎之重之。”
子衿夜宿潼关驿，忽闻邻室呻吟不止。窥之见一官员腹大如鼓，冷汗涔涔。从人言乃工部侍郎张说，奉旨巡察河工。
子衿忆孙翁所授，断为水蛊之症。施针放血，又取车前子、牵牛子等药急煎。至晓，侍郎疾愈，感其恩德，邀与同行。
至洛阳，适逢皇妹永乐公主患怪疾，肌肤皴裂如树皮，太医束手。张说举荐子衿，帝召入宫。
子衿观公主脉象，断曰：“此非病也，乃中南诏瘴疠之毒。”取药囊中七叶莲捣汁敷之，三日肌肤光洁如初。
帝大悦，问所欲赏。子衿伏地泣诉汴州太守构陷之事。帝怒，遣御史查办，果得实情。太守夺职下狱，家产尽归子衿。
时值疫病流行，子衿设义诊于相国寺，活人无算。百姓感戴，称“柳菩萨”。忽有黑衣女子日暮来访，呈玉牌曰：“家主有请。”
随行至城外废观，但见蛛网密布，唯神像后暗门洁净。入地道里许，豁然开朗，竟藏精舍数间。
病榻上卧一老妪，面覆黑纱，气促声嘶：“老身琅琊王氏，中毒十年矣。闻公子妙手，特来相求。”
子衿诊脉大惊：“此非中原之毒，似苗疆蛊术？”
老妪叹道：“公子果然神技。老身乃天后朝女官，当年亲见王皇后...”言未竟忽喷黑血。
子衿急施金针，取药囊中雪蛤膏与服。三日后，妪能起坐，揭面纱，左颊竟刺黥文“罪妇”！
原来此妪乃当年负责王皇后膳食的女官，目睹武后遣人下蛊。后侥幸逃生，隐姓埋名。
子衿忽忆孙翁之言，拆赤色锦囊，内书：“冤冤相报何时了，放下执念即菩提。”
遂劝道：“武后已薨，中宗复位，恩怨俱往矣。”
妪默然良久，忽大笑：“痴活三十年，不及少年通透！”次日不知所踪。
子衿购回老宅，重修庭园。某日整理旧物，于墙洞得铁函，内藏父亲遗书，方知柳家本为高宗御医，因误用虎狼药致武后流产，遭贬谪。然信中疑点重重，言当时药方经太医令修改。
遂赴长安访父亲故交，太医署致仕判局周大人。周老见遗书骇然：“令尊当年所用实为安胎良方，老夫亲眼见太医令王立德篡改记录！”
子衿欲深究，周老却三缄其口。当夜，周宅起火，老幼尽殁。
子衿疑为灭口，忽忆药囊中尚有玄锦囊未拆。展开见八字：“蛰伏待时，医道通天。”
遂暂息报仇念，广施仁术。开设“回春堂”，赠医施药，又收留孤贫童子传授医术。
三年后，玄宗狩猎坠马，伤及腰椎，瘫痪在床。太医署束手，有人举荐子衿。
针药并用七日，帝竟能站立。大喜，问治国之策。子衿奏曰：“医道如治国，须通经络、顺气血。今藩镇割据，如痈疽阻络；赋税沉重，似血虚气弱。”
帝悚然动容，擢为侍御医，常咨以政事。
忽有吐蕃使臣携疑难病例挑战：公主大婚三年不孕，吐蕃名医皆言先天不足。子衿观其面诊其脉，笑曰：“此非疾也，请备铜镜、素绢、醋浆。”
使屏退左右，以醋浆润绢敷腹，铜镜映照，竟现莲花烙印！原来公主自幼被施巫术，腹有禁纹。
子衿取金针破其咒印，又开调经养荣之方。次年果得麟儿，赞普大喜，赠宝马千匹，边境遂安。
帝欲重赏，子衿坚辞，只求重审父亲旧案。帝允，下旨彻查。竟牵出现任太医令李林甫——当年正是他协助王立德篡改医案！
然李林甫已贵为宰相，党羽遍布。案审受阻，子衿反被诬“借医干政”。
危难之际，忽有匿名投书，提供当年王立德临终忏悔录，并李林甫受贿证据。帝怒，贬李林甫为庶人，追赠子衿父亲为太子少保。
一夜，有蒙面人访回春堂，揭面竟是琅琊老妪！笑曰：“老身乃梅花内卫旧统领，暗中护驾四十载。此番报公子疗疾之恩。”
又低语：“公子可知孙思邈真人尚在人间？当年华山相遇，非偶然也。”
子衿愕然，急问究竟。妪言：“真人观天象，知大唐将有三百年浩劫，需有医国圣手辅佐明君。公子乃药王星转世，故真人亲渡劫难。”
言毕飘然而去。
子衿恍悟，遂辞官归隐，遍访名山。后人或传其在峨眉炼丹，或说在终南种药。开元盛世最末那年，有人见一青衫客于华山之巅，乘鹤西去，遗下青布药囊，内盛九转还魂丹三粒...
若干年后，安史之乱爆发。玄宗奔蜀途中患痢疾，危殆时忽有青衣道士献药，服之即愈。问其名，答曰：“华山故人。”遗药囊而去。视之，正是子衿旧物。
乱平后，肃宗诏寻天下，终不可得。唯汴州回春堂世代相传，每代皆出神医。堂中悬联云：“青囊能济世，仁心可通神。”至今犹存。
此一段奇缘，正应了：医国医人本同源，青囊深处有玄机。莫道恩怨随风逝，仁心一片化虹霓。