话说大明永乐年间，应天府上元县有一书生姓陈名廉，表字清之，祖上原是汴梁人氏，靖康时南渡徙居金陵。这陈生年方二十，生得眉目疏朗，丰神俊逸，更兼胸藏锦绣，笔走龙蛇，只是时运未至，屡试不第，家中唯余老仆陈福并三间旧屋，终日以卖字鬻画为生。
这一日正值暮春，秦淮河上画舫如织，两岸酒旗招展。陈生因连日阴雨困顿家中，见天色放晴，便携了近日所作《烟雨金陵图》往夫子庙前市集售卖。方才支起画架，便见一青衫老者驻足观看，这老者须发皆白而面色红润，目如寒星，手持一柄麈尾，端的是仙风道骨。
老者观画良久，忽抚掌叹道：“妙哉！笔法得吴道子遗韵，墨色有董北苑风采，更难得是这烟雨空蒙之中，暗藏紫气东来之象。可惜……”陈生忙作揖请教：“晚生拙作，蒙长者谬赞，不知可惜何在？”老者以麈尾指点画中远山：“此间峰峦走势本应接天龙脉，却因墨色凝滞断了地气，恰似君子困于泥淖，纵有凌云之志，难脱眼前之厄。”言罢从袖中取出一枚古玉蟾蜍置于画上：“老夫与你有一段宿缘，今赠此物，可镇画中晦气。切记，玉蟾目赤之时，当往栖霞山寻紫云观故人。”语毕翩然而去，竟不留姓名。
陈生愕然良久，看那玉蟾通体剔透，雕工古拙，蟾口衔一枚开元通宝，背刻云纹雷篆，心下暗自称奇。归家后置于书案，夜半忽见蟾目微泛红光，正惊疑间，忽闻叩门声甚急。老仆开门，见四五公差举火执杖而立，为首喝道：“奉命缉拿白莲教余党，有人首告尔家藏匿逆贼！”不由分说闯入翻检，竟从床底搜出白莲教符咒并反诗数幅。陈生辩白无效，被锁拿至应天府衙。
却说知府冯守仁乃科甲出身，原非昏聩之辈，见陈生文弱，案情又多有蹊跷，便道：“你既称冤屈，可能自证清白？”陈生忽忆老者之言，忙道：“学生有玉蟾为证！”及至取来，那蟾目红光竟灼灼如血。冯知府把玩良久，忽见蟾底微刻“天禧三年敕造”小字，悚然动容：“此乃大内旧物！昔年成祖爷赏赐功臣，怎落你手？”陈生具实以告。冯公沉吟道：“栖霞山紫云观早已荒废三十载……罢了，本府与你十日之期，若寻不得证人，休怪王法无情！”
陈生披枷带锁，由两名衙役押往栖霞山。时值梅雨，山路泥泞难行，至半山腰忽遇暴雨，三人躲入破庙。忽闻女子呼救声，循声见一伙强人正劫掠车驾。陈生不顾身戴刑具，拾木棍击倒匪首。众匪溃散，车中掀帘露出一张芙蓉面，竟是南京都指挥使司王大人千金。小姐感其恩德，命护卫解了刑具，赠银五十两并玉佩为信。
及至紫云观，但见断壁残垣，蛛网纵横。三人在残殿中搜寻，忽闻地底传来诵经声。推开暗门，现出石阶深幽，沿阶而下竟别有洞天：明珠照壁，玉砌雕栏，俨然神仙府邸。一童子曰：“师尊候客久矣。”引至丹房，见当日赠蟾老者正与一道人对弈。老者笑曰：“庾道友，可是你三十年前所卜之应？”那道人身披八卦氅，手持铁算盘，叹道：“白莲妖人作祟，朝廷鹰犬横行，金陵城百日内当有血光之灾。贫道当年泄露天机遭天谴双目，今终等到应劫之人。”
原来庾道人乃建文旧臣，精于星象卜筮，早算得金陵有劫，需寻五行俱全之人化解。老者名葛玄朴，曾是锦衣卫暗桩，知庾道人所藏建文密宝关乎国运。二人取出鎏金铜匣：“此中物事牵动天下气数，白莲教、东厂乃至倭寇皆在觊觎。今托付于你，需往北京寻少师姚广孝……”话音未落，忽闻箭矢破空，东厂番役已杀入地宫！
混乱中庾道人启动机关，石壁翻转将陈生推入密道。待从山腹钻出，怀中仅余铜匣并小姐所赠玉佩。思量欲救二老，却见山下火光冲天，知紫云观已遭不测。连夜奔回金陵，惊见满城缉拿文书，画影图形竟是自己！原来冯知府三日前暴卒，继任者直指陈生勾结妖道谋逆。
陈生走投无路，忽忆王小姐所赠玉佩，夤夜翻入都指挥使府邸。小姐闺名琼英，素慕荆轲聂政之流，见陈生遭遇，慨然道：“君既蒙冤，妾当助之。家父奉调进京，明日即有官船北上。”遂将陈生化装为书童混入船队。
舟行半月，至徐州境忽遇倭寇突袭。贼首山本蛟勇悍异常，连伤数名将领。陈生自幼习得祖传剑法，危急时挺剑相搏，竟刺伤贼首左目。王指挥使大喜，问其师承，陈生只得将紫云观奇遇略述一二。王公捻须道：“姚少师上月已然圆寂，今欲平反，唯寻英国公张辅或可周全。”
及至京师，忽传英国公督师交趾未归。陈生寄居王府，某日随管家往隆福寺采买，偶见一波斯商人售卖琉璃盏，其盏底纹路竟与铜匣暗合。商人低语：“欲开天门，先寻地钥。”陈生尾随之至客栈，商人取出半面铜镜：“此物与君怀中匣本是一体。”正欲详谈，窗外射入毒镖，商人当场殒命。陈生持镜跃窗，见一黑影遁入晋王府邸！
晋王乃当今圣上亲叔，势焰熏天。陈生踌躇间，忽有青衣小厮传来字束：“今夜子时，陶然亭候。”赴约见一蒙面女子，竟是琼英小姐！原来王府得密报，晋王勾结白莲教谋逆，证据藏于王府密室。小姐道：“三日后晋王寿宴，妾可助君混入。”
是夜，陈生扮作乐师携琵琶入府，其内暗藏铜匣镜鉴。席间奏《十面埋伏》至激烈处，弦断匣落，机关触发，匣镜合体射出的光点正照在屏风蟠龙目上！密室轰然洞开，现出晋王与白莲教往来书信。晋王怒极拔剑，忽有一蒙面侠客从天而降，竟是葛玄朴未死！原来老者当日金蝉脱壳，一路暗中保护。
混乱中陈生携证物突围，遭侍卫围困于钟楼。忽见城外烽火连天，英国公竟提前班师，率玄甲军擒拿晋王。公视证物叹道：“姚少师圆寂前曾留锦囊，言今日之事。”遂带陈生面圣。
永乐帝览证物勃然大怒，却又沉吟：“晋王虽罪证确凿，然牵一发而动全身……”忽报南京紫金山地震，白莲教趁机作乱。陈生伏地奏曰：“臣愿戴罪立功，平乱安民。”帝奇其胆识，赐尚方剑，准其率三千京营兵南下。
原来陈生路上得葛老指点，知白莲教据点在牛首山溶洞。官兵佯攻前山，陈生率死士从后山秘道潜入，正遇教徒祭祀。祭坛上绑缚的竟是琼英小姐！原来小姐暗中查案被擒。陈生奋勇救美，却见教主取出火药引信：“今日尽忠无生老母，尔等皆陪葬罢！”葛老突然现身，以飞石击断引线。此时英国公大军已至，一鼓荡平妖氛。
凯旋日，永乐帝亲审冤案。原冯知府乃被晋王毒杀，葛老献上建文密宝——竟是太祖开国时秘藏之九州龙脉图。帝观图悚然：“若非卿等，朕几损大明气数。”晋王赐白绫，白莲教众论罪。陈生敕封金陵府通判，琼英小姐赐婚。葛老长笑三声，化作白鹤冲天而去。
新婚夜，陈生与夫人观玩玉蟾，忽见其目复赤。急往庭院，见流星划过紫微垣。夫人问：“夫君仍欲追查天机否？”陈生揽妻入怀：“宦海风波恶，不若烟雨钓舟闲。明日便上表辞官，与你共修《金陵烟雨图》。”二人相视而笑，其时月满中天，玉蟾目中红光渐隐，终化碧色温润。
这正是：
紫云观里识玄机，白莲妖氛蔽日曦。
铜匣暗藏龙脉图，玉蟾照彻九州疑。
宦海浮沉原似梦，情天补石终有期。
莫道书生无胆气，一剑能退百万师。