话说大明宣德年间，南直隶应天府上元县有一书生姓柳名彦，表字文清。生得眉目疏朗，风姿俊逸，更兼胸藏锦绣，笔走龙蛇，年方十九便已中了举人。只是家道中落，父母早亡，唯遗城外祖宅一处并老仆柳忠相伴。这柳生虽才高八斗，却性情孤傲，不喜钻营，每日只在书斋中攻读诗书，以待来年京试。
这一日正值仲春，柳生窗前诵读，忽见院中老桂无风自动，簌簌落下一地金蕊。正诧异间，听得叩门声急。柳忠引进来一人，却是城中绸缎商赵员外家的管事，言道主人今夜设宴，特请柳举人过府一叙。
柳生素不与商贾往来，本欲推辞，却见那管事从袖中取出一方古砚，道：“我家主人知相公雅好文墨，特寻得这方端溪紫石砚，请相公赏鉴。”柳生接来一看，见那砚台色如猪肝，叩之有金玉之声，砚侧镌着“墨禅”二字，竟是前朝宰相文天祥旧物。不由心动，便应了邀约。
华灯初上时，柳生来至赵府。但见画栋飞甍，朱门绣户，果是豪富气象。赵员外亲自出迎，年约五旬，面团团若富家翁，唯有一双眸子精光四射。席间珍馐罗列，觥筹交错，却只三五个客人，俱是城中名流。
酒过三巡，赵员外击掌唤出一班女乐。但见屏风后转出四个佳人，抱着琵琶箫管。最后一人怀抱古琴，身着月白襦裙，云鬓半偏，莲步轻移。待抬头时，满室烛光皆黯然失色——眉似远山含翠，目如秋水横波，竟是个倾国倾城的绝色。
赵员外笑道：“此是小女瑶卿，素慕相公才名，今日特来献曲。”那瑶卿小姐也不怯场，纤指轻拨，弹了一曲《鹤冲霄》。琴声初时清越，渐如松涛阵阵，忽作鹤唳九天，终归万籁俱寂。满座皆醉，唯柳生听出曲中隐有金戈杀伐之音，心下诧异。
曲终人散，赵员外独留柳生至书房，屏退左右，忽然躬身长揖：“老夫有一事相求。”柳生忙扶起问故。赵员外叹道：“相公可知老夫原是建文旧臣？”柳生大惊——永乐帝篡位已三十余载，建文旧事早成禁忌。
赵员外低声道：“老夫本名赵怀忠，当年官至兵部郎中。金陵城破时，携机密文书逃出，隐姓埋名于此。今有件天大干系的事，非相公这般正直之士不能托付。”说着从密室取出一只鎏金铜盒，开启时异香满室，内里竟是一幅血书诏书并一方玉玺！
“此乃建文皇帝密诏，嘱忠臣之后伺机复国。那玉玺是太祖私玺，可调洪武朝埋下的暗桩死士。”赵员外老泪纵横，“老夫身患痼疾，时日无多。小女瑶卿虽聪慧，终是女流。求相公护此重宝，若遇明主，当可重整山河。”
柳生怔在当场，欲推辞时，却见老者目露哀恳，又想起瑶卿小姐琴音中的铮铮铁骨，不由热血上涌，郑重接过铜盒。当夜归家，将宝盒藏于书房密室，辗转难眠。
谁知次日清晨，忽闻街市喧哗。柳忠慌张来报：赵府夜间走水，阖家葬身火海！柳生奔去看时，但见焦梁断壁，余烟袅袅。官府验作烛火不慎，唯柳生瞧见瓦砾中有半截折断的箭镞，心中疑云大起。
三日后的雨夜，柳生正对灯枯坐，忽听窗棂轻响。开窗一看，瑶卿小姐竟浑身湿透立在雨中！原来那夜她恰在乳母家歇宿，逃过一劫。归家见惨状，想起父亲嘱托，特来投奔。
柳生忙将女子迎入，瑶卿哭诉道：“那日宴后，父亲便知大祸将至。他曾言若有不测，必是锦衣卫指挥使纪纲所为——当年便是纪纲出卖了金陵布防图！”柳生悚然，方知昨日有公差以查案为名，在赵府废墟翻捡整日。
自此，瑶卿便扮作村姑藏在柳宅。二人日间论诗品画，夜间筹划对策，渐生情愫。这日正在后园商议赴京告御状，忽闻墙外马蹄声急。柳生推窗窥看，只见十余骑黑衣客包围宅院，为首者取出弓弩，竟是要下杀手！
危急时分，老仆柳忠突然从马棚冲出，吹响竹哨。霎时间街巷中涌出二十余个货郎、乞丐，各持兵刃与黑衣人格斗。柳生惊愕间，被柳忠拉入地窖：“老仆实为建文旧卫，奉旨护卫赵大人。今日强敌来袭，请相公与小姐从密道速走！”
二人跌入地道，听得头顶杀声震天。摸黑行得半个时辰，出洞时已在钟山深处。回首望城中，柳宅方向火光冲天。瑶卿垂泪道：“为我家事，连累相公基业尽毁。”柳生握其手道：“国仇家恨，岂敢独善其身？”
二人晓宿夜行，往京师而去。这日途经镇江府，忽遇豪雨，躲进一处破庙。见庙中供奉的前朝将军泥像旁，倚着个邋遢老道，正捧只烧鸡大嚼。老道见二人落魄，竟扯下鸡腿相赠。柳生推辞间，触到老道腕间烙印——竟是锦衣卫重犯标记！
老道哈哈大笑：“两个小娃儿被纪纲的狗腿子追得屁滚尿流，还充甚斯文？”二人失色欲逃，老道袖中飞出一道黄符封住庙门：“镇抚司追兵已至三十里外，尔等这般走法，明日便成阶下囚！”
瑶卿拔簪抵喉：“宁死不辱！”老道叹道：“赵怀忠倒生了个烈性女儿。可知你父与老道原是结拜兄弟？”原来这道人号玉真子，曾是锦衣卫千户，因不满纪纲陷害忠良，辞官修道，反遭追杀。
玉真子从腰间解下个朱红葫芦，倾出三枚易容丹：“服此可改形换貌十二时辰。”又授二人龟息之法：“遇盘查可假死三日。”临别时更赠一柄软剑予瑶卿：“此名娥眉刺，见剑如见故人。”
二人改扮成卖唱夫妻，混入北上官船。行至扬州，果见关卡森严。几个番子持画像核对往来行人，那画像竟与二人有七分相似。正危急时，瑶卿忽抚琴高歌淮扬小调，柳生击节相和。番子被曲声吸引，略看两眼便挥手放行。
入得扬州城，但见市列珠玑，户盈罗绮，不愧是淮南第一繁华地。二人寻了处僻静客栈，盘缠却将用尽。柳生只得每日卖字换钱，瑶卿绣些帕香囊托售。
这日柳生在瘦西湖边摆摊，忽来几个恶仆掀翻案几：“何处穷酸，敢在盐运使林大人别院前撒野！”正纠缠间，一乘青绸小轿经过，轿中女子轻唤：“且住。”帘缝中探出纤纤玉手，掷下锭银子：“公子的字极好，与我写幅《洛神赋》。”
次日送字至湖心岛别院，才知轿中人是林大人爱妾苏姨娘。这女子约莫二十年纪，眉间一点朱砂痣，谈吐不俗。见柳生衣冠整洁却袖口磨损，叹道：“公子岂是池中物，何不投身林府？大人最爱才学之士。”
柳生婉拒归来，与瑶卿说起奇遇。瑶卿蹙眉：“盐运使正是纪纲门生！莫非圈套？”当夜果然有黑衣人潜入客栈，被瑶卿用娥眉刺逼退。二人从窗逃出，却见客栈已被官兵包围！
仓皇逃入烟花巷，挤进处赌坊人堆。忽闻雅间传来熟悉声音：“……那钦犯必在左近，封了城门挨户搜！”竟是日间所遇恶仆头目。柳生灵机一动，假作醉汉撞入雅间，见个锦衣公子正在推牌九，腰间悬着盐运使府令牌。
柳生故意厮闹，顺手牵走令牌。与瑶卿扮作使府亲随，大摇大摆叫开城门。出城方十里，忽闻身后马蹄如雷，灯笼火把照亮官道——追兵竟识破了伎俩！
前有大江拦路，后有追兵，正当绝望时，暗处摇出条小渔船。老渔夫喊道：“客官要渡江否？”二人跃上船，老者长篙一点，舟如箭发。追兵至岸边放箭，老者舞篙拨打，竟是个练家子。
舟至江心，老者忽道：“二位可知适才险遭毒手？那船公原是水鬼扮的！”回首扯下面皮，却是玉真子！道人笑道：“老道一路尾随，见尔等用计精妙，倒省了我出手。”
三人至滁州境内，玉真子引他们入深山道观。这道观外观破败，内里却机关重重，竟藏着十余个建文旧部。有位独目老者见到玉玺，跪地痛哭：“臣等苦候三十年矣！”原来皆是昔日忠良之后，暗中积蓄力量，以待天时。
众义士商议后，决定分三路赴京：一路由玉真子率高手暗杀纪纲；一路往凤阳皇陵联络守陵旧军；柳生与瑶卿则携密诏设法面圣——因当朝宣德帝实为建文亲侄，素有拨乱反正之心。
柳瑶二人扮作游学夫妇，取道山东。这日在济南府大明湖畔，恰逢元宵灯会。瑶卿见水面莲灯璀璨，不觉泪垂：“去岁此时，尚在父母膝前承欢……”柳生为其拭泪，指天立誓：“必当手刃奸佞，还天下公道！”
忽闻喧哗声起，人群纷纷避让。原来是布政使家公子携妓游湖，画舫撞翻许多民船。一渔家女落水呼救，公子竟掷箭射之：“惊了本少爷雅兴！”柳生怒发冲冠，欲理论时被瑶卿拉住：“大事为重！”
谁知那公子瞥见瑶卿容貌，竟令恶仆抢人！柳生护住瑶卿，被打得头破血流。正危急时，斜刺里飞来块石子，将恶公子门牙打落。但见个黑衣少年蹲在柳树上啃烧饼，冷笑：“狗彘不如的东西，也配欺男霸女？”
少年武艺高强，片刻间摆平十余恶仆。得知柳生是举人，竟抱拳道：“小子唐突，原是读书种子。”自称姓莫名惊雷，泰安人民，上京投军途经此地。三人投宿客栈，夜谈时莫生取出块青铜虎符：“家祖乃济南卫指挥使，燕兵破城时战死。此符可调动一支隐军……”
柳生见虎符纹路与玉玺暗合，恍然大悟：太祖皇帝竟布下这许多暗棋！三人结伴北上，行至德州地界，忽遇流民潮。一打听，竟是黄河决堤，官府贪墨修河款，致三十万百姓流离失所！
莫惊雷怒发冲冠，欲杀往府衙。柳生拦住：“擒贼先擒王！纪纲不除，天下贪官岂能绝迹？”遂写下万言书，详陈河患根源，托义士快马送京。瑶卿则散尽盘缠，设粥棚赈灾。
这日正在施粥，忽有衙差锁拿“煽乱刁民”。冲突间，莫惊雷夺过杀威棒横扫官差。忽闻鸣锣开道，八抬大轿中走出个红袍大员——竟是巡按御史周新，有名的铁面青天！
周御史查明情由，当即摘了知府乌纱，开仓放粮。夜访粥棚时，柳生递上血书诏书。周御史颤声道：“陛下密寻此物久矣！”原来他竟是宣德帝心腹，此行明为巡河，实为暗访建文旧事。
周御史飞章入奏，不日有密旨到：令其护送二人速京。一行人改走水路，沿运河直抵通州。这夜月明如昼，柳生与瑶卿立於船头，忽见岸上烽火连天。周御史色变：“纪纲反矣！”
但见战船围来，箭如飞蝗。周御史拔剑喝道：“本官在此，谁敢造次！”对面船头立着个蟒袍太监，阴阴一笑：“奉厂公令，格杀勿论！”竟是东厂提督——纪纲义子曹少钦！
混战中，周御史中箭落水。莫惊雷舞刀护住柳生二人，且战且退。曹少钦冷笑：“放火龙出水！”但见三支火箭弩射来，船帆顿成火海。正当万分危急时，下游突然撞出数条艨艟战舰，旗号竟是“靖海侯”！
当先船头立着个老将，白发萧然却目光如电：“曹太监好大威风，要烧老夫的贵客？”曹少钦顿时矮了半截：“侯爷说笑…不知是您的人…”老将弯弓搭箭，一箭射落曹太监冠缨：“滚！”
这靖海侯原是永乐朝名将，手握水师重兵。早年受建文恩典，暗中一直寻访故主血脉。见玉玺痛哭失声：“老臣等得苦也！”遂整军护送入京。
入得京城，方知局势诡谲：纪纲早控九门兵马，以清君侧为名围了皇城！宣德帝被困奉天殿，羽林军血战三日。玉真子率义士夜闯纪府，却中伏被擒——原来有内奸泄密！
靖海侯欲强攻，柳生谏道：“纪贼必防着侯爷。小子有一计…”当夜，瑶卿乔装成歌女混入纪府宴席。纪纲正宴请群奸，酒酣耳热时，瑶卿忽抽娥眉刺疾刺！纪纲老奸巨猾，偏身躲过，瑶卿失手被擒。
柳生在外见得信号，急令莫惊雷率死士炸开西水门。靖海侯水师突入城内，与锦衣卫巷战。柳生自领一队直扑诏狱，救出玉真子等义士。混战中找到瑶卿时，她正被缚在高台，纪纲持刀欲斩！
柳生弯弓射落钢刀，纪纲冷笑：“书生也敢动兵戈？”话音未落，柳生突从袖中甩出朱红葫芦——原是玉真子早先给的迷烟弹！白雾弥漫间，柳生救下瑶卿，纪纲却被莫惊雷一刀断臂！
老贼困兽犹斗，竟开启密道逃往皇城。众人追至金水桥，却见纪纲劫持了小太子！宣德帝怒喝：“卿本国之柱石，何至如此？”纪纲狞笑：“朱家欠我的！”原来他本是建文心腹，当年开城降燕，实因建文疑他功高……
正对峙时，瑶卿忽抚琴高歌。琴声激越处，纪纲恍见建文帝魂灵立于云端，手一软被玉真子拂尘击倒。禁军一拥而上，奸党尽数成擒。
三日后大朝会，宣德帝示血书诏书于百官，泣道：“靖难之变，骨肉相残，朕心实痛！”下诏为建文旧臣平反，诛纪纲九族。封柳彦为翰林学士，瑶卿为郡主，余者各有封赏。
柳生却辞官不受，携瑶卿归隐钟山。宣德帝亲书“忠义双全”匾额赐之。后人常见一对璧人泛舟秦淮，男子吹箫，女子抚琴，琴箫和鸣处，烟水俱澄澈。
有诗赞曰：
金陵王气未全收，化作清辉照玉楼。
一局残棋消劫火，五湖烟水洗吴钩。
血书已证山河誓，鸾镜终谐凤侣俦。
莫道书生无胆气，丹心犹可辟千秋。