夫太初渺茫，鸿蒙未判，有元始天王生于虚无，运化玄元始三炁，开三十六重清天，立玉京神阙于钧天之上。其左侍灵宝天尊，持万象图录，经纬星辰；右随道德天尊，执阴阳拂尘，调理寒暑。三清既立，乃敕命昊天金阙至尊玉皇大帝统御万天，设三百六十五部雷火瘟斗，布二十八宿九曜星官，筑九重霄汉，起凌霄宝殿。时有龙凤衔藻井，鸾鹤舞丹墀，金钉玉户，彩凤朱门，碧沉沉琉璃妆成，明幌幌宝玉砌就。南天门矗立云表，悬照妖镜九面，悬幡擂鼓，天兵罗列，神将森严。
然天庭初立，纲纪未周。下界有北溟蛟魔王，统九幽水族，自恃神通，不朝不贡。其踞黑水玄宫，炼阴煞魔炁，聚百万妖兵，扬言欲掀天河倒灌昆仑。玉帝闻奏震怒，集群仙议于通明殿。太白长庚星君出班奏曰：“蛟魔猖獗，非雷霆不能殛其魄。臣举一人，乃中天北极紫微大帝麾下佑圣真君，掌九霄雷霆司，昔于须弥山降伏八部天龙，可当此任。”玉帝准奏，赐斩妖剑、缚魔索，调十万天兵，命真君即日征讨。
佑圣真君领旨，顶束发紫金冠，擐锁子连环甲，骑墨麒麟，率雷部三十六将，驾雷车电戟直扑北溟。但见黑浪滔天，妖雾弥空，蛟魔现万丈原形，赤鬣青鳞，口吐玄冰阴火。真君摇身现三头六臂法相，祭九天应元雷声普化天尊所赐紫电锤，引三十六天雷煞轰击魔宫。激战九昼夜，崩毁冰山十二座，蒸干冥海三千里，终以斩妖剑断其角，缚魔索穿其琵琶骨。然蛟魔垂死反噬，自爆元丹，震裂北海眼，弱水倒灌人间。
真君急取先天八卦图镇住海眼，然已酿巨祸。弱水所至，禾稼尽枯，生灵涂炭。西天如来遣观音以杨枝净水止其泛滥，昆仑瑶姬献息壤筑堤，然水毒已入地脉。玉帝降旨责真君虽胜犹过，削其雷霆司帅印，谪守天河弱水渊，戴罪立功。真君坦然受之，于弱水之滨结草庐，日以元神化甘霖净化水毒，夜则巡防天河堤坝。如是九百载，鬓染霜华，弱水方清。
时值王母诞辰，蟠桃盛会群仙赴宴。真君独守荒渊，忽见星河深处异光乍现，有混沌裂缝隐现于织女星畔。裂缝中渗漏幽暗物质，沾染星砂即成魔种，蚀仙体，惑元神。真君急发警讯凌霄殿，然盛会正酣，守镜天将误认作流星过境，未加理会。真君乃孤身踏星槎往查，见裂缝渐扩，中有域外天魔窥伺，其形无常体，声乱心神。真君祭本命法宝玄武印镇守裂缝，然法力单薄，印纹渐裂。
危殆间，忽有素衣仙子驾青鸾而至，乃斗姆元君座下巡天星使璇光仙子。仙子本奉旨采星辰精粹酿琼浆，偶见玄武宝光摇曳，知有异变。见真君力竭，即取北斗七星梭织就天网暂封裂缝，又以辰砂绘禁符加固。真君叹曰：“吾戴罪之身，纵死不足惜，仙子何犯险？”璇光正色道：“天隙若开，三界俱焚，何分罪功？”二人遂合力守御。仙子精星象阵法，真通雷火玄功，竟暂阻魔氛。
然天魔狡诈，分化魔念潜入天庭。先是司禄星君夜读天书时忽然癫狂，以朱笔乱改人间命格；复有御马监天马尽染魔气，踏碎蟠桃园篱障；至第七日，竟连太上老君丹房道童亦为所惑，盗取金刚琢击碎八卦炉，三昧真火流泻，焚毁琅嬛书阁万卷道经。玉帝方知事急，遣千里眼顺风耳查探，乃见弱水渊上空天隙狰狞，真君与仙子正浴血苦战。
托塔天王李靖率哪吒、巨灵神等往援。至则见真君玄武印碎，以肉身堵天隙，仙骨尽碎犹不退；仙子燃本命星元催动七星梭，青丝化白雪。哪吒奋然掷乾坤圈击退魔潮，巨灵神斧劈混沌气，李靖祭玲珑塔镇住裂缝一隅。老君急至，以太极图裹挟魔念，投八景宫灯炼化；如来遣迦叶尊者奉般若波罗蜜多咒加持。众圣合力，终弥天隙。
玉帝升殿论功。真君仙基损毁大半，然挺身奏曰：“此番魔劫，首功当属璇光仙子。若非其星梭禁法，臣早粉身碎骨。”仙子却道：“真君镇守弱水九百载，早消隐患于未萌，此次更舍身护天，臣不过尽本分。”二人互让之功，群仙动容。玉帝敕封真君为九天荡魔祖师，掌新设驱邪院；璇光仙子晋北斗枢使，统星辰巡防；更颁《天条补遗》三百则，严饬诸神巡守之责。
然天魔虽退，余毒未清。有魔念附于月宫桂树，蛊惑吴刚伐桂之力日盛，斧痕深及月核，致太阴星轨道偏斜。广寒宫主嫦娥急禀，太阴偏移引发潮汐逆乱，四海翻腾，不周山基为之动摇。真君甫履新职即逢此变，携驱邪院众神勘测。见月核隐现黑丝，乃天魔残念作祟。然桂树乃盘古睫毛所化，毁之恐伤天地灵气。
璇光仙子献策：“昔羲和浴日于甘渊，留十曜精金于汤谷。可采之铸箭，以太阳真火煅烧，射入月核焚魔念而不伤桂树根本。”然汤谷有金乌残魄守护，近者立焚。真君慨然往之，以残破仙躯承金乌烈焰，取回精金。老君开炉铸箭时，却需至阴之血为淬。嫦娥闻之，刺破指尖滴血箭镞，叹曰：“妾身私奔月宫，累夫婿后羿永隔天地，今能补过，万死无悔。”
神箭既成，真君挽射日弓于南天门，羿之法器重现世间。然魔念感知威胁，操控吴横挥斧劈向箭矢。璇光仙子急引北斗星光锁住斧势，自身硬承反噬，呕血染霓裳。真君一箭贯月，魔念尖啸而散，太阴星复归其位。吴刚醒转，见仙子重伤，愧悔投斧于星河。嫦娥扶起仙子，三女仙相视而笑，恩仇尽泯。
玉帝欲厚赏，真君与仙子竟同辞封赏，奏请：“天隙之变，曝露三十六天外仍有隐患。愿请旨重筑天关，巡防诸天。”遂于原弱水渊旧址起“镇魔天关”，真君驻守，仙子掌周天星辰大阵为援。关高九万仞，嵌十万照妖镜，布混元河洛大阵。每逢朔望，仙子必携新酿星辉琼浆至关，与真君弈棋于箭楼，共校星图。
忽三千年，蟠桃再熟。宴间千里眼急报：天关外混沌中现亿万魔兵，首魔乃昔年蛟魔王残魂融合域外天魔，自号“寂灭天尊”，欲报前仇。真君燃烽火台，三十六天鼓震响。玉帝亲登点将台，调周天星斗军阵。佛祖遣八大金刚镇八极，老君悬太极图护南天门，元始天尊赐盘古幡予真君。
终极之战爆发。魔潮冲击天关，星辰大阵明灭不定。真君突阵斩将，玄武法相吞蚀万千魔兵；仙子催动北斗化为巨勺，舀尽混沌浊气。然寂灭天尊诡诈，分化元神潜入关内，直扑凌霄殿欲夺玉帝尊位。真君返身救驾，以背硬承天尊戮神戟，穿胸而过。血溅灵霄柱，真君反手抓住戟柄，笑曰：“吾身可碎，天纲不可逆！”周身雷光暴涨，竟兵解元神锁住天尊。
仙子悲啸，引周天星力注入真君残躯。阴阳交融间，忽现混沌初开景象——原来真君乃先天阳炁所凝，仙子本太阴元精化身，正是太极两仪显化。阴阳相合，激发盘古幡威能，开天辟地之光重现，涤荡魔氛。寂灭天尊嚎叫消散，魔兵尽化飞灰。
劫后重生，真君仙子元神交融，显化太极道图护持天庭。玉帝敕封“玄穹护法圣君”“璇玑造化元君”，共镇新辟之三十七重“太极天”。自此每有仙神过天关，常见阴阳二炁交织如环，巡弋诸天。天河弱水尽化甘泉，滋育万界。太史公录《九霄玄钧记》终笔而叹：“天道无亲，常与善人。然善非柔顺，乃刚毅守正、勇担劫难者也。观真君仙子，始以戴罪之身护道，终以阴阳合德补天，岂非天心最微玄处耶？”