皇城深秋，银杏叶落满宫道。刘镇南与林素衣扮作游方医者进入京城，药箱底层藏着天皇镜的微光。城门口贴满海捕文书，画影图形竟与刘镇南有七分相似，罪名是窃取镇国龙气。
太医院首座亲自查验药箱，指尖触到天皇镜时猛然缩手。老御医盯着林素衣的药囊沉吟，当晚，国师府派人请走林素衣诊治顽疾，刘镇南在客栈等地至三更，窗外突然飘入系着银铃的纸鸢。
纸鸢翅上密布星轨图，指向皇城西北角的观星台。刘镇南踏月寻去，见星轨族先知正在祭坛起舞，周身悬浮着七盏命灯。先知齿间渗血，道出人皇印不在皇宫，而在陛下心窍中，已与真龙血脉相融。
此时国师府地宫，林素衣银针触及国师眉心，发现他灵台藏着半枚破碎的龙玺。国师突然睁眼，瞳孔变成竖瞳。地宫四壁浮现黑龙图腾，林素衣怀中的地皇书自动护主，书页翻动间化出万里山河虚影。
刘镇南赶到时，国师已现出天魔化身。黑龙之气裹挟着人皇印的威压，将整座地宫变成炼狱。危急时刻，天皇镜从药箱迸射清辉，镜光中浮现青帝与天魔对弈的残局。刘镇南福至心灵，以银针为子，在地面布下屠龙局。
天魔狂笑间，玉玺化作血色巨龙扑来。刘镇南突然割腕洒血，血滴在空中凝成青帝年少时刻下的镇魔咒。咒文亮起时，昏迷的皇帝突然坐起，心口飞出半块玉玺。两天玺合一，竟在虚空拼出完整的人皇印。
林素衣趁机将地皇书按向印玺，三皇器共鸣产生的净化之力，让天魔发出凄厉哀嚎。但真正的危机此刻才显现。星轨族先知突然倒戈，命灯尽数熄灭。原来皇帝早被种下转生咒，天魔真正目的是借真龙之体重生。
素衣，斩龙脉。刘镇南嘶声喊道。林素衣泪落如雨，地皇书化作金针，狠心刺向皇帝眉心。但见针落处，人皇印突然碎裂，其中飞出的不是魔气，而是青帝留下的一缕神识。神识轻叹间，破碎的人皇印中升起太极图，将天魔气息尽数转化。
星轨族先知见状欲逃，却被太极图定住身形。他的背后浮现天魔印记，竟是百年前就被魔化的傀儡。危机暂解，但刘镇南发现三皇器已失去灵性。更棘手的是，皇帝因龙气被斩陷入昏迷，各地藩王闻风而动。
深秋夜雨，两人在太医院翻查典籍。刘镇南在青帝手札残卷中发现惊人记载，九星连珠那日，需以三皇器为引，重定九州龙脉。而布阵的最佳地点，竟是他们初遇的青州城。
离京那日，新帝悄然塞来一枚虎符。年轻的帝王眼中闪着决然。玉玺破碎处，隐隐浮现青帝留下的最后预言，当三星归位时，真正的天魔本体将从北极苏醒。
马车驶出京城时，林素衣忽然按住心口。地皇书记载的末世景象在她脑中闪现，北极冰原裂开深渊，青帝与天魔的身影在深渊尽头渐渐重合。
三日后，青州城郊外荒庙。刘镇南布下三皇器试图唤醒器灵，却发现需要皇道气运为引。正当为难时，庙外传来马蹄声，新帝微服而至，愿以真龙血脉助阵。但仪式进行到一半，荒庙地底突然涌出幽冥之气。
原来此地曾是古战场，地下埋着万千枯骨。幽冥教余孽趁机作乱，召唤出上古战魂。林素衣以地皇书镇压战魂时，意外触发地底隐藏的青帝剑冢。一柄生锈的古剑破土而出，剑身刻着二字。
刘镇南握剑的刹那，前世记忆如潮水涌来。原来这柄剑是青帝斩恶念时所用法器，剑内封存着一段被遗忘的因果。更令人震惊的是，剑冢中还有一具水晶棺，棺中躺着与林素衣容貌相同的女子。
此时北极异变加剧，夜空中的北斗七星开始移位。星轨族残部出现在荒庙外，声称要执行最后的使命，将三皇器投入北极深渊以平息天怒。一场恶战在所难免，而水晶棺中的女子指尖突然动了动。