就在朱厚照刚下了整饬内廷账目的旨意，财政初有眉目，满朝文武正各怀心思，或观望，或奉行，谁知天有不测风云，边疆的急报竟雪片似的递进京来。
先是二月里，云南六百里加急昼夜兼程，那驿卒浑身尘土，靴底磨穿，手里举着封了火漆的军情急报，连滚带爬闯过长安门，一路高喊 “云南急报！叛夷围了省城！”，守门禁军见是军情重务，不敢阻拦，直放他往兵部衙门去了。
原来云南武定军民府土舍凤朝文，竟纠集部众作乱，杀了府里同知以下的官吏，劫了府州的印信，又带着人马，和先前作乱的安铨合兵一处，竟把云南省城团团围住了。云南抚臣一面闭城死守，一面差人飞报进京，求朝廷发兵救援。此时安铨的乱子还没平定，凤朝文又反了，滇中各府州县，顿时人心惶惶，遍地惊扰。
次日五更，朱厚照传内阁诸臣在乾清宫暖阁
朱厚照升了御座，脸上没了往日的闲散笑意，眉头紧锁，御案上摊着云南的急报，内阁诸臣，一个个屏声静气，连大气都不敢喘一口。当下朱厚照便传旨，令廷臣会同推举，选两位威望卓着、熟谙夷情的大臣，督兵往云南征讨。
内阁首辅王琼领了旨，当即会同各部院廷议，推举了前江西按察使、因病在家休养的伍文定。
伍文定自不必说。他原是跟着王守仁平了宁王之乱的功臣，有勇有谋，熟谙军旅；时宁藩之乱贼平，功最，擢江西按察使。张忠、许泰至南昌，欲冒其功，而守仁已俘宸濠赴浙江。忠等失望，大恨。文定出谒，遂缚之。文定骂曰：“吾不恤九族，为国家平大贼，何罪？汝天子腹心，屈辱忠义，为逆贼报仇，法当斩。”忠益怒，椎文定仆地。文定求解任，不报。
朱厚照大病之时，伍文定便上书称病，便准了。
如今起复，一是国家不忘功臣，二是如今王守仁在京任职，谁都知道，伍文定前去，王守仁更是竭尽全力出力。
同时令户部督粮饷。梁材自不必说，更是久掌户部，于粮储调度最是精明。
奏本递上去，朱厚照当即准了，下旨升伍文定挂兵部尚书兼右都御史，提督云南、贵州、四川、湖广等处军务，可调四镇土汉官军，往云南讨贼。
又令户部尚书梁材，督理大军粮储，户部即刻拨太仓银三十万两，选精干属官一员，随带前往云南，预备买粮草、犒赏军士之用。
旨意一下，梁材接了旨，不敢怠慢，当即回了户部，会同度支衙门冯清，点验太仓银库的银两，调度沿途粮草转运。
冯清又奏请，为统一谋划，乞提调武库司和车驾司之皂隶银、马价银、柴炭银、筏夫银、驿传站银等。
疏入，报可。
消息传到张嵿的耳中，张嵿本就想交出兵部的大账，又担心同僚下属埋怨而一直迟迟未动。如今旨意下来，心中石头反而落地，再怎么着，兵部这群人又岂敢在军国大事上计较。
伍文定慨然领命，领旨当日便动身前往云南。
不日，又有旨意下来，令南宁伯毛良、西宁侯宋良臣，分管奋武等营坐营管操，靖远伯王瑾提督三千营，整顿京营军备，以防不测。
谁知云南的乱子还没着落，贵州的急报又到了。甲午日，贵州守臣飞报进京，说芒部、乌撒、毋响一带的苗夷陇革等人，纠集部众，攻劫毕节屯堡，焚烧百姓庐舍，杀掠士民，地方大乱。兵部见奏，当即复议回奏，正德帝下旨：兵备、守巡以下官员，俱住了俸禄，戴罪杀贼，着贵州、四川镇巡官，即刻督兵进剿，不许迁延。
一时间，西南半壁，处处告警，满朝文武，无不忧心忡忡。就在此时，陈九畴的一道奏本，又递到了御前。
原来朝廷平定了岑猛父子之乱后，见当地因改土归流，兵连祸结，两年不绝，百姓流离失所，瑶僮各族蠢蠢欲动，心中忧急，便写了这道长篇奏本，递进京来。那奏本里，先剖明岑猛父子固有可诛之罪，然酿成今日之祸，前此当事诸臣，也难辞其咎。说两广军门，专为瑶僮流贼而设，若能振刷军威，本足以制服诸蛮，谁知因循怠弛，军政日坏，一有警急，必靠调土官狼兵行事，才让这些人凭恃兵力，日渐桀骜。等事平之后，功劳全归了上官，土官们半点好处也捞不着，再加上不才官吏需索盘剥，与之为奸，才闹得征调不前，上下积怨，日深月积，才有今日的叛逆之祸。
又说，如今岑猛父子及其党羽数人，早已诛戮，天讨已行，却为了卢苏、王受两个酋首，不顾万余百姓的性命，竭两省之财，动三省之兵，兵连祸结已两年有余，百姓死者十已六七。山瑶、海贼乘势作乱，穷苦流亡的百姓纷纷投附，其祸患，何止百倍于卢、王二酋？如今不思这心腹大患，反倒汲汲于两个小丑，实在是当事者的失算。不如暂且释了二酋之罪，开其自新之路，息兵罢饷，休养疮痍的百姓，杜绝觊觎之奸，弥合不测之变。等地方安定，德威既洽之后，二酋若改过自新，便不必固求其罪；若仍不悔改，届时擒杀，不过是一个狱吏的事，何至于烦劳天兵，和小丑争一时之气？
更要紧的，是直指改土归流的弊端。说流官之设，徒有虚名，反受实祸。思恩未设流官之前，土人每年出土兵三千，听官府调遣；既设流官之后，官府每年要发民兵数千，防备土人反复。流官无益，昭然可见。更何况田州紧邻交趾，深山绝谷，全是瑶僮盘踞，必须仍存土官，才能借其兵力，做中原的屏蔽。若改土为流，便是自撤藩篱，绝非久安之计，日后必有悔之晚矣的时候。
奏本最后，说思恩、田州的处置事宜，等事平之后再另行议奏，只是既有所见，不敢不先奏闻，好让朝廷早有定夺，不至往复查议，误了事机。