对于内阁的大权，自然是献可替否这四个字了，所谓献可就引申为拟票，各地奏本经通政司转呈内阁后，阁臣需用墨笔在小幅票签（即浮票）上拟定处理意见，贴于奏疏表面进呈御览。这种墨批预拟朱批定夺相结合的政务流程，构成了大明的中枢政务决策程序。
而在内阁，现在则是以分票的形式由各位辅臣分掌某一方面的政务，所以朱载坖在御批中指出的献可在诸辅臣即是这个意思。
而内阁的另外一个重要权力就是替否，也就是所谓的封驳大权，原本这些权力是六科专属的，六科掌侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。凡制敕宣行，大事覆奏，小事署而颁之；有失，封还执奏。凡内外所上章疏下，分类抄出，参署付部，驳正其违误。
行使封驳权的主体是在六科，内阁的封驳权是没有法律保障的，所谓内阁的封驳权，实际上是通过内阁的建议权和密疏制度实现的，一来是皇帝如遇有大事大疑，可随时召对阁臣，以面陈的形式听取不同的见解和意见；二是密揭式献替，此亦内阁奏事进言的典型方式之一。内阁辅臣遇有不宜公开谏言之事，便可书密揭进呈皇帝，这其实是皇帝对内阁的一种特殊礼遇。
但是从法律地位上来说，真正有权力实施封驳权是六科，但是朱载坖认为六科行使封驳权，还是有很大的问题的，在前唐，能够行使封驳权的也是给事中，但是前唐的给事中是门下省的高官，权力极重，当时给事中的职权为：“凡制敕有不便于时者，得封奏之；刑狱有未合于理者，得驳正之；天下冤滞无告者，得与御史纠理之；有司选补不当者，得与侍中裁退之。”
实际上封驳大权是由门下省来执行的，给事中只不过是门下省中实际执行封驳权力的官员，但是本朝的给事中品级太低，朱载坖认为由他们行使封驳权可能会导致封驳权的滥用，所以朱载坖在调整内阁和各近侍官署执掌的时候，重新规定了封驳权的使用。
朱载坖将封驳权分为两部分，其中一部分仍旧保留在诸科之中，对各种上谕、制诰、诏书等，给事中们拥有形式审查权，主要是对上述文书的规范性及完整性进行审查，不涉及实质内容评判。
而实质审查权则在内阁，内阁辅臣们形式封驳权中的实质审查权力，但是在之前的改革中，朱载坖只是将实质审查权力给了内阁，但是内阁具体怎么行使，由谁行使，并没有予以规定，因为封驳权是一项鲜少动用的权力，内阁行使封驳权会极大的破坏皇帝和内阁的关系，阁臣是不敢轻易使用的，而且一般情况上，皇帝作出决定之前，还是会和内阁充分商量的，内阁一般在这个阶段通过面陈和密疏等形式向皇帝阐述自己的意见。
所以封驳权看起来是没有什么大用的，但是这次朱载坖在御批中明确的将替否也就是封驳的权力给了首辅申时行，也就是说首辅将负责对于皇帝的决定进行实质审查，这点是极为重要的，朱载坖将这些权力赋予首辅，第一就是加强首辅的权力，明确首辅百僚之长的权力，另外一个事情就是赋予内阁首辅对抗司礼监的责任。
在嘉靖和朱载坖的时代，司礼监是毫无存在感的，因为他们父子两人对于太监的约束都是很强的，尽管有批红，甚至在朱载坖有时候不方便时司礼监会负责向朱载坖读奏疏，由朱载坖口授之后代批，但是总体上的权力都牢牢的掌握在皇帝手中，对于太监的权力控制的是很强的，但是朱载坖也必须承认，一旦皇帝出现怠政的情况，司礼监就很容易窃据政权，所以朱载坖要明确赋予内阁首辅对于上谕、批红等的实质审查权力，使得内阁能够能够对于司礼监形成制约，防止出现权宦的情况。
太子将朱载坖的御批送达文渊阁之后，申时行领命说道：“陛下圣明，臣等不胜感戴之至！”
朱载坖很显然是看懂了申时行的意图，一方面同意了内阁的分票决议，另一方面又将封驳大权授予申时行，加重首辅的权力，这点是极为重要的，在朱载坖的平衡之下，内阁就形成的新的平衡。
同时对于朝廷各部院予以调整，之前原学部尚书王世贞卒于任上，朱载坖赠太子少师兼太子少保，予谥端简，同时以蔡国熙任学部尚书，任命原右副都御史，巡抚山东李戴威户部左侍郎提督度支总署，任命原左副都御史蔡国珍为户部左侍郎提督海关总署，任命原右佥都御史、巡抚江西陈有年为吏部左侍郎提督流外铨选总署，将一批考绩优良的官员，提拔进入朝廷各部院，一来是为朝廷更换新鲜血液，二来也是更好的平衡朝廷。
而在西北的李成梁收到朱载坖的上谕之后，当即整顿兵马，准备突袭伊犁河谷，就此事李成梁和吴兑爆发了激烈的冲突，李成梁认为尽管现在天气寒冷，官家粮秣不足，但是自己之率精锐轻骑，偃旗息鼓，闪击伊犁河谷，准噶尔部新败，士气不振，必然大败退却，可以在今年就将准噶尔部逐出天山。
但是吴兑还是认为要谨慎从事，等到明年天气转暖，朝廷的粮秣转运来了之后在大局进兵，战胜的机会极大，不必承担任何风险，所以李成梁和吴兑在此事上爆发了冲突，他们两人分别以密疏的形式向朱载坖奏报此事，请求朱载坖圣裁，同时吴兑还写信给内阁，陈述此事，请求内阁在其中发挥作用。
在他们两人的密疏抵京之后，朱载坖首先召见了军机大臣们，询问军机大臣们的意见，李成梁的主张是拣选精锐轻骑万余，从玛纳斯直扑伊犁河谷，于寒冬战胜准噶尔部。