经历了身边无数人的死亡，践踏了这么多人的心意，找到了越来越多的真相，冈部胸膛中的心脏终于在归来的IBN5100面前恢复了活力。
影响世界线变动的D-mail都被自己一一消除，只剩下通过IBN5100入侵SERN服务器，将上面关于自己发出的第一封被截获的D-mail删除，世界就会回到原来的模样，真由理就再也不用因为世界线的收束而死去。
“第一封D-mail吗……就是那封吧？我被杀了什么的那封。”
但是在红莉栖的话语中，冈部终于察觉了来自世界的最大恶意，他难以置信地睁大了双眼，因为恐惧的事实，瞳孔几乎要缩成了针尖。
“取消至今为止的所有D-mail，将世界线恢复原样，那是SERN统治世界的反乌托邦不会出现的世界线，真由理不会死的世界线，然后在那条世界线上，牧濑红莉栖……会死。”
从冈部在广播馆外马路上发出的第一封D-mail开始埋下的伏笔终于张开了自己狰狞的爪牙。
因为冈部的D-mail，中钹博士停止了见面会，牧濑红莉栖因此没有死去，如果消除了那一封D-mail，他身前带着笑容，无数次地帮助着他的红莉栖，就会死去。
这是何等残酷的现实。本村哉志被这个从第一集埋下直到二十集才揭露出来的伏笔震撼了，就算是一个个将D-mail造就的命运的铁环从世界线上取下，最终通向的世界线，也是那样严酷的世界。
凤凰院凶真，在这种情况下，该如何做出自己的选择？
意识到了这一点，冈部暂停了删除SERN服务器中D-mail。他在犹豫，在纠结，在痛苦中想要找到自己想要的答案。但他只是冈部伦太郎，而不是设定中那个狂气的科学家凤凰院凶真。
夏日的鸣蝉孜孜不倦地发出自己生命中最绚烂的音乐，却又像是在嘲笑人类的不自量力。红莉栖察觉了冈部心中痛苦和纠结，在冈部沉重的话语里，获知了这个横亘在她，冈部和真由理之间最残酷的选择。
救真由理，自己会死。
“你应该马上去见她，我的事情就算是现在讨论，也不会有任何结论，所以你才一直一个人烦恼对吧？”红莉栖强装着镇定，带着颤音的话语却在劝说冈部去找真由理。
“既然是这样，那你应该去找真由理，就算在这里被你担心，也只会伤我的自尊心！我先走了。”红莉栖怕自己下一刻就会维持不住自己伪装的冷静，不想让冈部看到自己脸上的动摇，她匆匆地离开了天台。
冈部注视着这样的她，却只能沉默。
冈部找到了在奶奶墓前的真由理，一次接一次的时间跳跃中，自己的心与真由理越来越远，但是真由理却一直在心中牵挂着自己。当初Lab只有自己和真由理的时光随着真由理对墓碑的诉说浮上心头。冈部终于做出了这个艰难的抉择。
找到了红莉栖，这个被害羞的自己称为“克里斯蒂娜”的天才少女，这个在一次次时间轮转中支持着自己，理解着自己，分担着自己心中的痛苦和压力的少女，面对这个少女，冈部坚定地诉说着自己的心情：“我绝不会忘记你，我不会忘记最重要的人！”
两人终于互相表明了在漫长的时间纠葛中暗生的心意，冈部和红莉栖，凤凰院凶真和克里斯蒂娜，狂气的科学家和他的助手，两人彼此相拥，彼此追寻着对方的心。
但是在这样的心情下，却是未来的残酷。
分明是温馨的场景，本村哉志却不禁流下了眼泪。刚刚表明了彼此的心意，就要面对无法相遇的离别，世界上感人的爱情莫过于此。
对于凤凰院凶真来说，真由理是从小劫持的人质，她是特别的。但是克里斯蒂娜却也是助手，同样的心无法衡量两个人之间的重量，就算是本村哉志想要让冈部选择红莉栖，也无法对他选择真由理说出指责的话语。
在无数次重复的时间轮回中，最痛苦的不是别人，而是那个曾经中二的冈部伦太郎。
人类的情感能够经得起这么多时光和悲剧的消磨吗？就像是OP歌词中所言一般，冈部伦太郎丢失了自己凤凰院凶真的人格，变成了浑身伤痕累累的孤独观测者。也正是看到了这一点，红莉栖面对无法做出抉择的冈部，才主动地放弃了自己。
不想面对最后的离别，红莉栖赶往飞往米国的飞机，在秋叶原地铁站外的广场上，她向冈部赠别了Dr.pepper，用力掷出的碳酸饮料在空中划过高高的抛物线，落在了冈部的身后，就在冈部捡起这份离别的礼物时，红莉栖对冈部的背影说出了永别。
回首看去，红莉栖的身影已经消失在空空荡荡的广场上。
“在1%的对面，我一定存在着，冈部。”
遥望着白鸽飞过的天空，红莉栖独自等待着地铁，在心中诉说着自己的心意。
Lab小小的房间里，阿至终于入侵到SERN的服务器中，找到了那封被SERN截获的最初的D-mail。
“世界……将得到重构……”
一番中二的发言中，狂气的凤凰院凶真痛苦而坚定地宣告着贝露丹迪作战的最终阶段，手指颤抖着在回车键上轻轻地按下。
就在这时，脚步声在Lab外响起，红莉栖气喘吁吁地冲进了Lab，在冈部吃惊的目光中，红莉栖在最后说出了自己的心意：
“冈部，我也……喜欢……冈部！”
世界线变迁，真空管中的数字重新回到了1.，超越了1%的境界线，世界线从β回到了冈部伦太郎与牧濑红莉栖初次相遇的α，但是这个世界，却是不存在红莉栖的世界。
白大褂的左肩被红莉栖用粉线胡乱缝好的破口消失了，Lab又回到了原来的模样，真由理依旧在执着于制作cos的服装，阿至在电脑前敲击着键盘，但是冈部意识到，Lab中另一个熟悉的身影却再也不可能出现。
“真由理，研究所成员NO.004是谁？”
“004？嗯……没有004这个人哦！”真由理疑惑地说道。
可恶！助手，真的就这样死去了吗？
本村哉志握紧了拳头，无处发泄的愤怒和无力感在胸中淤积着，这部动画，就连大人都看得如此沉重！搬运工做出这部动画来，到底是为了什么？！
世界恢复了常规，IBN5100被冈部送走，时间机器也被他弃置。牺牲了无数人的心意和生命换来的世界线，成为了冈部最珍视的存在。
但是在这时，时间旅行者阿万音铃羽，却再次来到了2010年的秋叶原。